Sự nghiệp bóng đá chuyên nghiệp của Rafael bắt đầu tại đội trẻ của Fluminese (Brazil). Rafael cùng người anh em sinh đôi là Fabio đã lọt vào tầm ngắm của những nhà tuyển trạch MU vào mùa hè năm 2005 khi họ cùng Fluminese du đấu tại Hồng Kông.

Rafael chính thức gia nhập Manchester United vào tháng 1 năm 2008, và không cần phải chờ quá lâu, Rafael đã có trận đấu chính thức đầu tiên trong màu áo MU, đó là trận giao hữu giữa Manchester United và Peterborough United vào ngày 4 tháng 8 năm 2008.

Ở mùa giải 2008–2009, Rafael đăng ký số áo 21 mà trước đó thuộc về cầu thủ người Trung Quốc, Đổng Phương Trác.

Ngay trong trận khai mạc mùa giải 2008-2009 Rafael đã có cơ hội thử sức tại Giải Ngoại hạng Anh, được thay vào ở hiệp 2 trong trận gặp Newcastle United.

Rafael được đá chính trận đầu tiên trong màu áo Manchester United là trận gặp Middlesbrough tại vòng 3 Carling Cup.

Tại đấu trường Champions League, Rafael cũng đã được đá chính trong trận làm khách của MU tại Đan Mạch trước đối thủ Aalborg BK vào ngày 30 tháng 9 năm 2008. Anh đã chơi rất hay và có 2 cú sút trước khi bị thay ra ở phút 66.